В ч. 6 ст. 41 Бюджетного кодекса РФ идет речь о договорах, в соответствии с которыми уплачиваются платежи, являющиеся источниками неналоговых доходов бюджетов. В ч. 3 ст. 41 Бюджетного кодекса РФ предусмотрен такой источник неналоговых доходов бюджетов, как «средства, полученные в результате применения мер гражданско-правовой, административной и уголовной ответственности, в том числе штрафы, конфискации, компенсации, а также средства, полученные в возмещение вреда, причиненного Российской Федерации, субъектам Российской Федерации, муниципальным образованиям, и иные суммы принудительного изъятия». Уплата неустоек (пени, штрафа) за неисполнение или ненадлежащее, недобросовестное исполнение условий договоров относится к мерам гражданско-правовой ответственности. Если говорить о договорах «на поставку товаров, работ, услуг», необходимо обратить внимание на ч.4 ст.34 Федерального закона от 5 апреля 2013 года № 44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд», в которой установлено, что в контракт включается обязательное условие об ответственности заказчика и поставщика (подрядчика, исполнителя) за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательств, предусмотренных контрактом. Поэтому, в случае возникновения требования уплаты неустоек, штрафы и пени уплачиваются в соответствии с условиями контракта. Контракт, в свою очередь, согласно ст.3 вышеупомянутого Закона № 44-ФЗ, - есть договор, заключенный от имени Российской Федерации, субъекта Российской Федерации (государственный контракт), муниципального образования (муниципальный контракт) государственным или муниципальным заказчиком для обеспечения соответственно государственных нужд, муниципальных нужд. Таким образом, в п.6 ст. 41 Бюджетного кодекса РФ речь идет, в том числе, о договорах, в соответствии с условиями которых уплачиваются неустойки (пени, штрафы), являющиеся доходами бюджетов.

Ответ подготовил: ведущий консультант
компании БФТ ( www.bftcom.com ) 
Моисеев Илья Вячеславович

Вот нашел очень хороший сайт,на нем можно получить качественную консультацию по поводу Бюджетного кодекса:
http://mosadvokat.org/byudzhetnyj-kodeks-rf/