Главная роль (полномочие) Федерального казначейства при организации кассового обслуживания исполнения бюджетов бюджетной системы Российской Федерации установлена статьей 166.1 Бюджетного кодекса Российской Федерации: Федеральное казначейство устанавливает порядок кассового обслуживания исполнения бюджетов бюджетной системы Российской Федерации.

При этом в соответствии со статьей 241.1 Бюджетного кодекса Российской Федерации при кассовом обслуживании исполнения бюджетов учет операций со средствами бюджетов осуществляется на единых счетах бюджетов, открытых органам Федерального казначейства отдельно для каждого бюджета в учреждениях Центрального банка Российской Федерации.

В рамках реализации данного полномочия органы Федерального казначейства осуществляют в установленном Федеральным казначейством порядке открытие и ведение лицевых счетов для учета операций администраторов доходов бюджетов, главных администраторов и администраторов источников финансирования дефицита федерального бюджета, главных распорядителей, распорядителей и получателей средств федерального бюджета, финансовых органов субъектов Российской Федерации (муниципальных образований), а также по поручению высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации (местной администрации муниципального образования) в соответствии с заключенным соглашением открывает и ведет лицевые счета для учета операций главных администраторов и администраторов источников финансирования дефицита, главных распорядителей, распорядителей и получателей средств бюджетов субъектов Российской Федерации (местных бюджетов);

Кроме того, в порядке, установленном Федеральным казначейством, отдельные функции финансовых органов субъектов Российской Федерации (финансовых органов муниципальных образований) по исполнению соответствующих бюджетов могут осуществляться органами Федерального казначейства на основании соглашений между ними и высшими исполнительными органами государственной власти субъектов Российской Федерации (местными администрациями муниципальных образований).