Если ГБУ арендует недвижимое имущество (помещение) у юридического лица,  то обязательным является заключение письменного договора аренды по нормам Гражданского кодекса  РФ.  По общему правилу арендатор обязан поддерживать имущество в исправном состоянии, производить за свой счет текущий ремонт и нести расходы на содержание имущества (п. 2 ст. 616 ГК РФ), то есть и коммунальные расходы по объекту, полученному в аренду. Договор о возмещении расходов по оплате коммунальных платежей  может быть частью договора аренды, можно оформить и отдельное соглашение. 

Согласно ч. 2 ст. 651 ГК РФ договор аренды здания или сооружения, заключенный на срок не менее года подлежит государственной регистрации и считается заключенным с момента такой регистрации. Это правило распространяется и на  случай, когда арендуется часть здания (см. Информационное  письмо Президиума Высшего арбитражного суда РФ от 01.06.2000 N 53).   Останавливаюсь на этом моменте еще и потому, что Кодекс об административных нарушениях РФ  содержит  ст. 19.21. «Несоблюдение порядка государственной регистрации прав на недвижимое имущество или сделок с ним», которой предусмотрены штрафы на должностных лиц - от трех тысяч до четырех тысяч рублей; на юридических лиц - от тридцати тысяч до сорока тысяч рублей.  

Теперь непосредственно по поставленному вопросу. Минэкономразвития России в письме от 02.10.2007 № 14902-АП/Д04 “О разъяснении норм Федерального закона от 21 июля 2005 г. № 94-ФЗ применительно к отношениям, связанным с арендой имущества”  разъяснило, что отношения, связанные с арендой недвижимого имущества, не являются предметом регулирования Закона № 94-ФЗ. Соответственно  государственные и муниципальные заказчики не обязаны применять предусмотренные данным Законом процедуры размещения заказов при заключении договоров на аренду недвижимого имущества. 

Таким образом, если ГБУ процедуры,  предусмотренные Законом 94-ФЗ,  не применяло - не проводило торги, запрос котировок на право заключения договора аренды, оно и не должно размещать  договор (контракт)  в Едином государственном реестре контрактов.  

Вместе с тем, советую обратить внимание  на новую  статью 17.1   Федерального закона   от 26 июля 2006 г. N 135-ФЗ "О защите конкуренции", в которой прописаны особенности порядка заключения договоров в отношении государственного и муниципального имущества. Так в п.3  части 3  ст. 17.1   предусмотрено, что  заключение договоров аренды, договоров безвозмездного пользования, иных договоров, предусматривающих переход прав владения и (или) пользования в отношении государственного или муниципального имущества, которое принадлежит на праве оперативного управления государственным или муниципальным бюджетным и казенным учреждениям может быть осуществлено только по результатам проведения конкурсов или аукционов на право заключения этих договоров.  Эта норма начала действовать 1 января  2011 г.