Состав расходов, включаемых в целевые программы, зависит от того, каким образом выстроена модель формирования программ в публично-правовом образовании.
Правовых оснований для того, чтобы поступающие из вышестоящего бюджета межбюджетные трансферты, имеющие целевой характер (субсидии и субвенции) НЕ включались в программы, НЕТ.
Более того, зачастую передаваемые субсидии инвестиционного характера как раз включаются в соответствующие целевые программы.
Особенности могут быть связаны только с бюджетной классификацией соответствующих расходов: требуется дополнительно оценить правовую базу на предмет того, какие коды должны присваиваться подобным расходам: коды соответствующих целевых программ, установленные на муниципальном уровне, либо будут ограничения на подобную классификацию и потребуется использовать другие коды, установленные на вышестоящем уровне.

Клишина Марина Александровна, первый заместитель генерального директора Центра исследования бюджетных отношений (ЦИБО)