Контрольный орган вправе указать в акте как на упущение нереализованную учреждением возможность пополнить бюджет на сумму неустойки по контракту.  Оправдание-"хорошо знаем поставщика" вряд ли здесь уместно. Вместе с тем, административная ответственность за такое бездействие Кодексом об административных нарушениях не предусмотрена.  Кроме того, вы можете оперативно в претензионном порядке обратиться к поставщику и предложить  ему уплатить неустойку. 
 Ермилова Н.Г.