Ключевыми законодательными актами, действующими в интересующей Вас сфере, являются Федеральный закон от 22.04.1996 № 39-ФЗ «О рынке ценных бумаг» и Федеральный закон от 29.07.1998 № 136-ФЗ «Об особенностях эмиссии и обращения государственных и муниципальных ценных бумаг».

В соответствии с Федеральным законом № 39-ФЗ облигация — это эмиссионная ценная бумага, закрепляющая право ее владельца на получение от эмитента облигации в предусмотренный в ней срок ее номинальной стоимости или иного имущественного эквивалента. Облигация может также предусматривать право ее владельца на получение фиксированного в ней процента от номинальной стоимости облигации либо иные имущественные права.

Эмитентом облигации может быть исполнительный орган государственной власти, орган местного самоуправления, которые несут от своего имени или от имени публично-правового образования обязательства перед владельцами ценных бумаг по осуществлению прав, закрепленных этими ценными бумагами.

Понятия «субфедеральная облигация» федеральное законодательство не содержит, однако по общей практике под «субфедеральным» обычно понимаются региональный и муниципальный уровни. По-видимому, в вопросе речь идет об облигациях, эмитированных от имени субъекта РФ.

Основное отличие муниципальных и региональных облигаций как раз и заключается в том, от чьего имени они эмитированы: от имени муниципального образования или от имени субъекта Российской Федерации.

С финансовой точки зрения также различается надежность эмитента, сроки обращения эмитированных облигаций и размер дохода. Эти параметры зависят и от конкретного эмитента, и от рыночной ситуации. Для инвестора значения данных параметров и отражают преимущества и недостатки того или иного эмитента.

В то же время для эмитента (субъекта РФ или муниципалитета) вопрос о преимуществах и недостатках данных инструментов не возникает, поскольку публично-правовое образование в силу законодательных требований может в любом случае пользоваться только одним из них.