Федеральное агентство по управлению особыми экономическими зонами было создано в соответствии с указом президента РФ от 22 июля 2005 года и находилось в ведении Министерства экономического развития. Основными функциями РосОЭЗ были оказание государственных услуг и осуществление правоприменительных функций в сфере управления особыми экономическими зонами, а также контроль за выполнением соглашений о ведении промышленно-производственной или технико-внедренческой деятельности. Также в функции РосОЭЗ входили отбор заявок на создание особых экономических зон, мониторинг реализации соглашений о создании ОЭЗ, регистрация юридических лиц и индивидуальных предпринимателей в качестве резидентов особой экономической зоны.
На встрече с главой Минэкономразвития Э. Набиуллиной 5 октября Д. А. Медведев потребовал активизировать работу по развитию особых экономических зон. По словам Э. Набиуллиной, согласно мировой практике, такие зоны полностью раскрывают свой потенциал за семь-десять лет, однако президент призвал работать быстрее. Также глава государства отметил, что субъекты федерации могли бы принять более существенное участие в развитии особых экономических зон.
За 4 года существования РосОЭЗ в России были созданы 13 особых экономических зон трех типов: 4 технико-внедренческие зоны, 2 промышленно-производственные и 7 туристско-рекреационных ОЭЗ. Проведен также конкурс по отбору 3 портовых зон, однако решения правительства по их созданию до сих пор не приняты.
В сентябре 2008 года Генпрокуратура направила в Минэкономразвития представление, в котором указывалось на неэффективное использование бюджетных средств при создании особых экономических зон, в частности на то, что эти средства размещались на депозиты под крайне низкие проценты. В материалах Генпрокуратуры указывалось также, что в пяти из семи ОЭЗ туристско-рекреационного типа до сих пор не зарегистрировано ни одного инвестора, не создано рабочих мест, а объем частных инвестиций равен нулю.
Вместе с тем, глава РосОЭЗ А. Алпатов в сентябре говорил о том, что финансирование особых экономических зон было сокращено в 2009 г. с планируемых 16 до 8 млрд руб., а в 2010 г. оно будет сокращено еще на 3 млрд и составит 5 млрд руб. Несмотря на это, по мнению А. Алпатова, особые экономические зоны в России развиваются интенсивно. «В прошлом году у нас по всей России было только 43 резидента, сегодня их уже 207, и заявки продолжают поступать. Уже создано 8 тыс. новых рабочих мест. Объем инвестиций резидентов ОЭЗ на данный момент составляет более 20 млрд руб., в будущем он составит 225 млрд руб. Растут объемы производства, только на Томской экономической зоне выпущено продукции на 230 млн руб.», рассказал А. Алпатов.
Материал подготовила Елена Колнооченко, журнал "Бюджет"
