Основу государственного сектора науки Республики Башкортостан составляют научные учреждения: Уфимский научный центр Российской академии наук и Академия наук Республики Башкортостан, отраслевые научно-исследовательские институты, вузы.

Научными исследованиями и разработками в республике занимаются 60 организаций. Численность научных кадров составляет более 7,0 тыс. человек, из которых половина – исследователи. Традиционно сильной стороной научно-исследовательских разработок является техническое направление, где занято более половины исследователей. Около трети специалистов занято естественными науками.

Подготовку научных кадров в республике осуществляют 30 аспирантур (12 высших учебных заведений и 18 научных организаций) и 9 докторантур. Основные центры подготовки молодых ученых в республике – Башкирский государственный университет, Башкирский государственный медицинский университет, Уфимский государственный нефтяной технический университет, Уфимский государственный авиационный технический университет.

Республика Башкортостан является признанным научным центром России в области технологий трубопроводного транспорта, сверхпластичности металлов, авиационного и нефтяного машиностроения, глазной хирургии, медицины труда и экологии человека, молекулярной биологии, тонкого органического синтеза и металлокомплексного катализа.

В г.Уфе в апреле 2010 года проведена Специализированная выставка "Салон инноваций", целью которой являлась демонстрация достижений и возможностей промышленности и науки в области разработки современных образцов оборудования, материалов, передовых технологий, научно-технических решений и инновационных проектов в различных отраслях экономики. Экспонентами "Салона инноваций" стали более 40 инновационно-активных предприятий и организаций, в том числе победители республиканских конкурсов "Десять лучших инновационных идей", а также Академия наук Республики Башкортостан, Уфимский научный центр Российской академии наук, технопарки Республики Башкортостан.

За январь-сентябрь 2010 года об инновационной активности заявили 225 организаций, половина из которых сосредоточена в обрабатывающих производствах, более четверти – в сфере транспорта и связи, 13% занято в деятельности, связанной с использованием вычислительной техники и информационных технологий. Объем отгруженных инновационных товаров составил 30,7 млрд. рублей, или 3,7% от республиканского объема отгруженной продукции и 7,0% объема отгруженной продукции инновационно-активных организаций. За пределы Российской Федерации отгружено инновационной продукции на сумму 752,0 млн. рублей, из которой 86,0% продукции приходится на предприятия обрабатывающих производств.

Затраты на инновации составили 6,1 млрд. рублей, из них наибольшая доля приходится на технологические инновации – 99,0%, маркетинговые – 0,4%, организационные – 0,6%. Основным источником финансирования являются собственные средства организаций, их доля составляет около 60,0%.

Более 200 предприятий и организаций республики применяли в своей работе более 8,1 тыс. передовых технологий, в основном в сфере связи и управления – 70,8% (локальные компьютерные сети предприятий, обмен электронной информацией, программируемые логические контроллеры и другие), в сфере проектирования, производства, обработки и сборки – около четверти (компьютерное проектирование, гибкие производственные элементы, безлазерное тепловое оборудование). Лидером в создании передовых производственных технологий является Уфимский государственный авиационный технический университет.

Широко внедряются в практику информационные технологии. Доля информационно-активных организаций составила 95,9% по отношению к общему количеству. Больше половины обследованных организаций используют в своей работе локальные вычислительные сети, 94,0% предприятий имеют доступ к сети Интернет и электронную почту. Каждая пятая организация имеет собственный WEB-сайт в Интернете. Более 93,0% информационно-активных организаций в своей работе использовали специальные программные средства, в основном для решения организационных, управленческих и экономических задач, а также для осуществления электронных расчетов, проектирования и научных исследований.

В рамках IX Международного инвестиционного форума "Сочи-2010" проходившего в сентябре 2010 года на выставочной экспозиции Башкортостана была организована презентация ряда крупных республиканских проектов: "Электронное Правительство", "Информационно-коммуникационный парк Республики Башкортостан" (ИТК-парк). В блоке "Башкортостан – Олимпийскому Сочи" демонстрировались новейшие разработки машиностроительного комплекса республики.

В республике продолжена работа по созданию инновационной инфраструктуры как необходимого элемента инновационного потенциала региона. В 2010 году принято решение о создании индустриальных парков "Прикамье" (г. Нефтекамск) и "Строительные материалы Башкортостан" (г. Агидель), технопарка в сфере высоких технологий – Информационно-коммуникационного технологического парка Республики Башкортостан.

Важным вкладом в процесс перехода экономики республики на инновационный путь развития является создание инновационных кластеров. Советом по научно-технической и инновационной политике при Правительстве Республики Башкортостан определен состав кластеров, имеющих первоочередное значение (приняты решения о создании в республике кластера индустриального обеспечения туризма и энергомашиностроительного кластера).

В 2010 году продолжалась реализация Республиканской целевой инновационной программы Республики Башкортостан, в соответствии с которой проведены республиканский конкурс инновационных проектов "Десять лучших инновационных идей Республики Башкортостан" и республиканский конкурс на лучшую организацию работы по активизации инновационной деятельности среди администраций муниципальных районов и городских округов Республики Башкортостан. В рамках конкурсного отбора субъектов инновационной деятельности на субсидирование процентной ставки по кредитам, предоставляемым субъектам инновационной деятельности и субсидирования расходов на использование специализированного и уникального оборудования в 2010 году из бюджета республики направлено около 10 млн. рублей.