Сельскохозяйственная отрасль является социально значимой для региона. В агропромышленном комплексе области занято 28-29 % трудоспособного населения. Основная специализация сельского хозяйства – молочномясное животноводство. Динамично развивается свиноводство и птицеводство.

Более 80 % пахотных земель сосредоточено на юге области, где выращивается пшеница, рожь, овес, ячмень. В лучшие годы намолачивается до 500 тыс. тонн зерна. Производство зерна нацелено в основном на обеспечение животноводства фуражом, хотя в небольших объемах производится товарное зерно.

Пригородные сельскохозяйственные предприятия занимаются выращиванием овощей, картофеля. Картофель является важной культурой и для личных подсобных хозяйств, и для населения и выращивается повсеместно. Расширяются объемы возделывания льна местной селекции.

Крупным производителем в отрасли является ЗАО «Сибирская Аграрная Группа», которое использует современные технологии производства. По объемам производства свинины предприятие входит в пятерку лидеров Российской Федерации.

На рынке производства мяса птицы лидируют птицефабрики ООО «Томская», ООО «Межениновская». Продолжают увеличивать объемы производства овощеводческие хозяйства: ЗАО «Овощевод», ООО «Агротеховощ», ЗАО «Томь».

Одним из приоритетных направлений политики развития АПК является переход агропромышленного комплекса к этапу устойчивого и динамичного развития.