Через область проходят все виды транспортных коммуникаций: железные и автомобильные дороги, Волго-Балтийский водный путь и река Сухона с Северо-Двинской шлюзованной системой, воздушный коридор Европа-Азия.
Железнодорожный транспорт занимает ведущее место в транспортной системе области по перевозкам грузов. В пределах Вологодской области проходят транспортные коридоры «Трансиб» (Владивосток – Челябинск – Буй – Вологда – Череповец – Бабаево – Санкт-Петербург) и «Юг-Север» (Москва – Данилов – Вологда – Вожега – Архангельск с ответвлением на Воркуту и Мурманск).
Протяженность автомобильных дорог общего пользования  составляет 11 тыс.км.  По территории области проходят автодороги федерального значения М-8 «Москва-Архангельск» и А-114 «Вологда-Новая Ладога» через Тихвин до М-18 «Кола», регионального значения (обеспечивающие автотранспортное сообщение с соседними субъектами Российской Федерации): Вологда-Медвежьегорск, Урень-Шарья-Никольск-Котлас, Сергиев Посад-Калязин-Рыбинск-Череповец-Устюжна-Валдай, Костылево (Архангельская обл.) – Тарнога - выход на автодорогу «Тотьма-Нюксеница-Великий Устюг», Лодейное Поле-Вытегра,  региональные транспортные коридоры в границах области: Чекшино-Тотьма-Никольск, Тотьма-Нюксеница-ВеликийУстюг.
Проходящий по территории области Волго-Балтийский канал позволяет в течение 6 месяцев навигации отправлять грузы в порты Балтийского, Белого, Каспийского, Черного и Средиземного морей.
В воздушном пространстве на территории области с запада на восток проходит коридор международных трасс. Аэропорты в Вологде и Череповце оснащены современными системами радионавигации и посадки воздушных судов. 
По территории области также проходят системы газопроводов и магистральный нефтепровод «Ухта-Ярославль». Транспорт газа осуществляется по пяти магистральным газопроводам. Ежегодно перекачивается более 80 млрд. кубометров природного газа. По нефтепроводу осуществляется перекачка нефти на нефтеперерабатывающие заводы России и дальнего зарубежья.
Транспортная система области обеспечивает спрос населения и экономики области в перевозках, и имеет значительный резерв провозных возможностей, способных обеспечить потребности в перевозках пассажиров и грузов при значительном росте спроса на них.