По территории Амурской области с запада на восток проходят две крупные железнодорожные магистрали: Транссибирская и Байкало-Амурская, связанные на территории области поперечной железнодорожной линией Сковородино–Тында–Беркакит. Начато строительство железной дороги от БАМа (ст. Улак, близ ст. Зейск) до крупного Эльгинского месторождения энергетических и коксующих углей в Южной Якутии, что позволит не только загрузить Байкало-Амурскую железную дорогу, но и оставлять часть коксующих углей в области для обеспечения металлургического производства.

Имеются судоходные реки – Амур, Зея, Бурея.

Аэропорт Благовещенск - имеет статус международного значения, обеспечивает выполнение межрегиональных и местных грузопассажирских перевозок в города Москва, Красноярск, Иркутск, Чита, Якутск, Хабаровск, Комсомольск, Ю.Сахалинск, Зея, Тында, Экимчан. Обеспечивает выполнение заказных (чартерных) рейсов, в т.ч. выполняемых за рубеж. В настоящее время аэропорт обеспечивает прием и выпуск воздушных судов практически всех типов, а также вертолетов. В декабре 2005 года распоряжением Федерального агентства воздушного транспорта аэропорт допущен к приему новых российских самолетов Ту-214, Ту-204. В 2006 году аэропорт получил допуск к приему и обслуживанию нового регионального самолета Ан-140.