Транспортная система края представляет один из ключевых транспортных узлов Дальневосточного региона. Транзитные функции края, располагающегося в центре Дальнего Востока, имеют большое значение не только в региональном, но и общероссийском и международном плане. По территории края проходят две железнодорожные магистрали – Транссибирская и Байкало-Амурская, обеспечивающие выходы к основным тихоокеанским портам страны. Между материковой сетью железных дорог и о. Сахалин действует паромная переправа Ванино – Холмск (270 км).
Основной морской порт края – морской торговый порт Ванино. По технической мощности (свыше 10 млн. тонн в год) он занимает третье место среди морских портов Дальнего Востока. Ежегодно порт способен обрабатывать около 1700 морских судов и 70-80 тыс. вагонов. Круглогодичная работа порта обеспечивается ледокольным флотом. В порту Ванино компания «СУЭК» построила и успешно эксплуатирует экспортный терминал для перевалки угля мощностью 12 млн. тонн угля в год. Использование новейшего высокотехнологичного оборудования позволяет осуществлять бесперебойные поставки российского угля в страны АТР. Кроме того, имеются морские порты в г. Советская Гавань, Николаевск-на-Амуре, а также портопункты в г. Охотск, пос. Мыс Лазарева и Де-Кастри.
Хабаровский край находится на пересечении международных воздушных транспортных коридоров, соединяющих Европу со странами АТР и Азию с Северной Америкой. Через аэропорт Хабаровска осуществляется авиасообщение с более чем 40 городами России, в том числе Китаем, Кореей, Японией. На территории края планируется реализация проекта создания международного авиационного хаба с развитием пассажирских и грузовых терминалов.
Развитая транспортная инфраструктура, уникальное географическое и выгодное геополитическое положение края позволило начать реализацию крупнейших инвестиционных проектов, нацеленных на интенсивное развитие Хабаровской агломерации и Ванино-Советско-Гаваньского транспортно-промышленного узла, которые в будущем должны стать основой логистической кооперации в СВА, а также опорной точкой для создания транзитного коридора Европа-АТР.
В рамках развития Ванино-Советско-Гаваньского транспортно-промышленного узла создана  первая в России портовая особая экономическая зона на базе порта Советская Гавань (ПОЭЗ), которая предусматривает формирование многопрофильного портового, судостроительного и судоремонтного центра, строительство контейнерных терминалов, а также  развитие  переработки водно-биологических ресурсов.
Коммерческую деятельность  на территории ПОЗЗ осуществляют резиденты, для которых на территории ПОЭЗ действуют особые льготные условия осуществления коммерческой деятельности. В ПОЭЗ действует свободная таможенная зона. Режим  свободной таможенной зоны  предусматривает размещение и использование иностранных товаров без уплаты таможенных пошлин и налога на добавленную стоимость, российских товаров  на условиях, применяемых к вывозу в соответствии с таможенным режимом экспорта без уплаты акциза и  вывозных таможенных пошлин.
Автодорожная сеть сосредоточена в основном в южной части края. Протяженность дорог общего пользования составляет более 5 тысяч км, в том числе с твердым покрытием — 4,5 тысячи км.