Родился 28 октября 1962 года в городе Саратове. В 1983 году окончил Московский институт народного хозяйства им. Г.В. Плеханова по специальности «финансы и кредит», в 2003 году – Российскую Академию государственной службы при Президенте Российской Федерации по специальности «государственное и муниципальное управление».
С 1984 по 1985 выполнял интернациональный долг в республике Афганистан.
С 1985 по 1990 работал в финансовом Управлении Белгородского областного исполнительного комитета.
Работу в налоговой службе начал в 1990 году в должности начальника отдела налогообложения кооперативных и общественных организаций.
В 1996 году назначен заместителем начальника Государственной налоговой инспекции по Белгородской области, в 1998 – заместителем руководителя Государственной налоговой инспекции по Белгородской области, в 1999 – заместителем руководителя Управления МНС по Белгородской области.
В 2000 году поощрялся Почетной грамотой Министерства Российской Федерации по налогам и сборам.
С 2005 года замещал должность заместителя руководителя УФНС России по Белгородской области.
В 2006 году награжден Знаком отличия «Почетный работник ФНС России», Почетной грамотой Губернатора Белгородской области.
24 апреля 2007 года приказом Министерства финансов Российской Федерации Понкратов Игорь Николаевич назначен руководителем УФНС России по Белгородской области.
Решением диссертационного совета Белгородского университета потребительской кооперации в 2011 году присуждена ученая степень кандидата экономических наук.
17.11.2011 году награжден нагрудным знаком «Отличник финансовой работы».
За высокие трудовые достижения, большой вклад в социально-экономическое развитие Белгородской области в 2012 году награжден медалью «За заслуги перед Землей Белгородской» II степени.
В 2015 году награжден юбилейной медалью «25 лет налоговым органам России»