Родилась 19 января 1959 года в городе Сельцо Брянской области. Имеет высшее образование: окончила в 1985 году Ростовский институт народного хозяйства по специальности "финансы и кредит". В июле 2004 года завершила обучение в аспирантуре Российской академии государственной службы при Президенте Российской Федерации и защитила кандидатскую диссертацию. Ей присвоена ученая степень кандидата экономических наук.
Основные этапы трудовой деятельности до работы в системе налоговых органов: Брянский райфинотдел, Новочеркасский горфинотдел, Брянское облфинуправление, первый заместитель главы администрации города Брянска, первый заместитель мэра города Брянска по экономике, инвестициям и финансам.
В 1991 году назначена начальником ГНИ по городу Брянску, в 2001 году - руководителем Управления ФНС России по Брянской области.
Указом Президента Российской Федерации от 20 апреля 2004 года № 557 за заслуги в области экономики и финансовой деятельности Е.В. Николаенко присвоено почетное звание "Заслуженный экономист России".
Заведует кафедрой "Финансы и кредит" в Брянском филиале Орловской академии госслужбы. Имеет публикации в журнале "Российский налоговый курьер", в научно-практических изданиях Алтайского государственного технического университета и в региональных изданиях. Увлекается спортом.
Государственный советник Российской Федерации 2 класса.
