С июня 2006 года приказом Министерства финансов Российской Федерации Елена Николаевна Немцова назначена на должность руководителя Управления Федеральной налоговой службы по Вологодской области.
Обладая большим опытом экономической работы и работы на руководящих должностях, свободно ориентируется в сложных вопросах экономической жизни и направляет свои усилия на достижение слаженной и продуктивной работы коллективов Управления и Межрайонных инспекций ФНС России по Вологодской области. Елена Николаевна руководствуется в своей работе такими принципами, как высокая степень ответственности и самоотдача, стремление к совершенствованию. Умеет четко организовать работу, поставить конкретные задачи и контролировать их выполнение на всех этапах. Ее отличает высокий профессионализм, трудолюбие, умение работать с людьми.
Е.Н. Немцова участвует в разработке региональных экономических программ, способствующих улучшению социально-экономической ситуации в области.
Елена Николаевна ценит в людях порядочность, профессионализм, ответственность.
За заслуги в профессиональной деятельности и личный вклад в выполнение задач, стоящих перед налоговыми органами, Е.Н. Немцова в 2002 году награждена Почетной грамотой Министерства Российской Федерации по налогам и сборам, в 2007 году знаком отличия – «Почетный работник ФНС России». В 2005 году за активную работу в профсоюзной деятельности награждена медалью «100 лет Профсоюзам России».
Указом Президента РФ в 2006 году Е.Н. Немцовой присвоено почетное звание «Заслуженный экономист Российской Федерации».
Государственный советник Российской Федерации 3 класса.