Родился 5 февраля 1951 года в селе Новые Верхиссы Инсарского района Мордовской АССР в многодетной крестьянской семье. Трудовую деятельность начал комбайнером в родном хозяйстве.
В 1973 г. с отличием окончил Мордовский государственный университет им. Н.П. Огарева. По образованию — инженер электронной техники.
Еще в студенческие годы проявились качества Николая Меркушкина как общественного лидера. Он был избран секретарем комитета ВЛКСМ Мордовского госуниверситета, с 1977-1986 гг. работал секретарем, вторым секретарем и первым секретарем Мордовского обкома ВЛКСМ.
В 1986 г. Н.И. Меркушкин становится первым секретарем Теньгушевского райкома КПСС. За неполные четыре года его работы были достигнуты значительные успехи в экономической и социально-культурной жизни района. Во многом это оказалось возможным благодаря активному внедрению им новых форм и методов хозяйствования на селе.
В 1990 Н.И. Меркушкин был избран вторым секретарем Мордовского рескома КП РСФСР.
С 1992-1995 гг. работал председателем республиканского Фонда имущества.
В январе 1995 г. Н.И. Меркушкин избирается председателем Государственного Собрания Республики Мордовия.
22 сентября 1995 г. на Конституционном Собрании избран главой Республики Мордовия. С этого времени под его руководством в республике начинает осуществляться комплекс мер по выводу Мордовии из затяжного экономического кризиса и политической конфронтации.
15 февраля 1998 г. в ходе всенародных выборов главы республики Н.И. Меркушкин был избран на этот пост, получив в свою поддержку 96,6% голосов избирателей.
16 февраля 2003 года вновь избран главой Республики Мордовии. 10 ноября 2005 года по представлению Президента РФ в третий раз избран Государственным Собранием РМ на должность главы Республики Мордовия.
10 ноября 2010 года вновь вступил в должность главы Мордовии.
12 мая 2012 года вступил в должность губернатора Самарской области. Его кандидатура по представлению Президента РФ была одобрена депутатами Самарской Губернской Думы.
Н.И. Меркушкин избирался депутатом Верховного Совета республики одиннадцатого (1985 — 1990 гг.) и двенадцатого (1990 — 1995 гг.) созывов, Государственного Собрания Республики Мордовия первого созыва. В 1995 — 2001 гг. представлял Республику Мордовия в Совете Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, был председателем Комиссии по регламенту и парламентским процедурам, заместителем председателя Комитета по вопросам экономической политики.
В составе группы российских губернаторов представлял Российскую Федерацию в Совете Европы.
В настоящее время — член Государственного Совета Российской Федерации, руководитель комиссии по развитию АПК и социальному переустройству села, член Президиума Совета по физкультуре и спорту при Президенте Российской Федерации. В этом Совете он возглавляет комиссию по развитию массовой физической культуры.
В январе 2006 указом Президента РФ Н.И. Меркушкин был назначен заместителем руководителя Межведомственной рабочей группы при Совете при президенте Российской Федерации по реализации приоритетного национального проекта «Развитие агропромышленного комплекса».
В апреле 2008 года распоряжением Председателя Правительства Российской Федерации включен в состав Правительственной комиссии по развитию малого и среднего предпринимательства. В
Член Бюро Высшего Совета Всероссийской политической партии «Единая Россия».
Награжден орденами Трудового Красного Знамени (1986 г.), Дружбы народов (1981 г.), медалями «За трудовую доблесть» (1976 г.), «За преобразование Нечерноземья РСФСР» (1990 г.). Академик Российской академии информатизации. В 2000 г. за большой вклад в социально-экономическое развитие региона и многолетний добросовестный труд был награжден орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени, в 2009 г. — орденом «За заслуги перед Отечеством» III степени.
Награжден орденами Русской Православной церкви: Благоверного князя Даниила Московского II степени (1996 г.), Святого равноапостольного великого князя Владимира II степени (2000 г.), Преподобного Сергия Радонежского II (2002 г.) и I (2006 г.) степени.
Награжден рядом общественных наград, в том числе Орденом Петра Великого I степени (2004 г.). В 2001 году он был назван «Человеком года» за успехи в развитии экономики. В 2002 году Русский биографический институт (с участием экспертов Русской Православной церкви, Российского фонда культуры, Российской экономической академии имени Плеханова) назвал Н.И. Меркушкина «Человеком года» в числе семи лучших губернаторов России.
Указом Президента Российской Федерации от 06.06.2014 «О досрочном прекращении полномочий Губернатора Самарской области» № 389 назначен временно исполняющим обязанности Губернатора Самарской области.
14 сентября 2014 года избран на пост губернатора Самарской области, получив 91,35% голосов избирателей.
Женат. Имеет двоих сыновей.
