Согласно статье 4 Закона от 3 ноября 2006 г. № 174-ФЗ «Об автономных учреждениях» (далее — Закон № 174-ФЗ) объем субсидий, предоставленных на выполнение государственного (муниципального) задания, может быть уменьшен в течение срока выполнения данного задания только при его изменении. Учредитель вправе сократить размер субсидии или потребовать частичного либо полного возврата предоставленной субсидии, если:

• учреждение фактически исполнит задание в меньшем объеме, чем это предусмотрено заданием;
• оказанные в рамках реализации задания услуги (выполненные работы) не будут соответствовать качеству, определенному в задании (п. 2.2.4 Типовой формы соглашения между учредителем и федеральным автономным учреждением о порядке и условиях предоставления субсидии на возмещение нормативных затрат на оказание услуг (выполнение работ), утвержденной приказом Минэкономразвития России от 3 декабря 2008 г. № 423).

Если государственное задание выполнено, а часть субсидии осталась не израсходованной, то сэкономленную сумму учреждение может расходовать в следующем финансовом году. Так как субсидия это целевые средства, то использование их остатка целесообразно произвести на решение задач, связанных с осуществлением основной деятельности учреждения. Обычно учредитель автономного учреждения самостоятельно устанавливает, куда следует направлять суммы субсидий, не использованные на выполнение конкретного задания. Учредитель может также заранее при формировании государственного задания определять порядок расходования сэкономленных сумм.