Аналогичная ситуация рассмотрена в письме Минфина России от 29 июня 2006 г. № 03-05-01-04/194. В нем, в частности, даны следующие разъяснения.

Согласно статье 11 Налогового кодекса под обособленным подразделением организации понимается любое территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места. Признание обособленного подразделения организации таковым производится независимо от того, отражено или не отражено его создание в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации, и от полномочий, которыми наделяется указанное подразделение. При этом рабочее место считается стационарным, если оно создается на срок более одного месяца.

В соответствии со статьей 1 Закона от 17 июля 1999 г. № 181‑ФЗ «Об основах охраны труда в Российской Федерации» рабочим местом считается место, в котором работник должен находиться или в которое ему необходимо прибыть в связи с его работой и которое прямо или косвенно находится под контролем работодателя. Если место работы указано в трудовом договоре как место нахождения головной организации, а фактически трудовая функция выполняется работником по месту нахождения структурного подразделения, то имеет место наличие обособленного подразделения организации, по месту нахождения которого необходимо встать на учет в налоговом органе. Налоговые агенты, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения (п. 7 ст. 226 НК РФ). Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений. Налоговые агенты обязаны вести учет доходов, полученных от них физическими лицами, а также представлять в налоговый орган по месту своего учета сведения о доходах физических лиц этого налогового периода и суммах начисленных и удержанных в этом налоговом периоде налогов (ст. 230 НК РФ).

Таким образом, головная организация должна исчислять и уплачивать налог на доходы физических лиц как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения обособленного подразделения, при этом сумму налога, исчисленную с доходов, полученных работниками обособленного подразделения, необходимо перечислить в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения.

Согласно позиции Минфина России головная организация должна перечислять в бюджет по месту нахождения филиала налог на доходы физических лиц, исчисленный с доходов, полученных работниками филиала, а также сотрудником головной организации, выполняющим свои трудовые функции по месту нахождения филиала. При этом сведения о доходах физических лиц, как работников головной организации, так и работников филиалов, должны быть представлены головной организацией по месту своего учета.

Также Минфин России в письме от 20 декабря 2011 г. № 03-04-06/3-352 обращает внимание на то, что в соответствии со статьей 57 Трудового кодекса обязательным для включения в трудовой договор условием является, в частности, место работы. А в случае, когда работник принимается для работы в филиале, представительстве или ином обособленном структурном подразделении организации, расположенном в другой местности, — место работы с указанием обособленного структурного подразделения и его местонахождения.