Федеральное агентство морского и речного транспорта является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, по управлению государственным имуществом, а также правоприменительные функции в сфере морского и речного транспорта, в том числе в отношении морских рыбных портов в целях развития транспортного комплекса.
Деятельность Федерального агентства морского и речного транспорта направлена на реализацию целей и задач, определённых посланиями Президента Российской Федерации Федеральному Собранию Российской Федерации, решениями Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации и коллегии Министерства транспорта Российской Федерации, Транспортной стратегией Российской Федерации на период до 2030 года, федеральными целевыми программами «Модернизация транспортной системы России (2002-2010годы)» и «Развитие транспортной системы Российской Федерации (2010-2015 годы)».Приоритетными направлениями в деятельности Росморечфлота являются развитие современной и эффективной инфраструктуры морского и внутреннего водного транспорта, обеспечение доступности, объема и конкурентоспособности морского и внутреннего водного транспорта по критериям качества для грузовладельцев на уровне потребностей инновационного развития экономики страны, интеграция в мировое транспортное пространство и реализация транзитного потенциала России, повышение уровня безопасности мореплавания в портах и судоходства на внутренних водных путях.
Федеральное агентство морского и речного транспорта образовано в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 года № 314 «О системе и структурефедеральных органов исполнительной власти».
В соответствии с Положением о Федеральном агентстве морского и речного транспорта, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 23 июля 2004 года № 371, Росморречфлот находится в ведении Министерства транспорта Российской Федерации.
