Главная цель деятельности ФСКН — борьба с незаконным оборотом наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсоров, а также контроль за соблюдением установленных норм при их легальном обороте. Также пытается контролировать оборот сильнодействующих и ядовитых веществ. Классификация веществ производится в соответствии с перечнем наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсоров, подлежащих контролю в Российской Федерации и Списком сильнодействующих и ядовитых веществ.
Основными задачами ФСКН России являются:
- обеспечение контроля за оборотом наркотиков;
- выявление, предупреждение, пресечение, раскрытие и предварительное расследование преступлений, отнесённых к подследственности ФСКН России;
- координация деятельности органов исполнительной власти по противодействию незаконному обороту наркотиков;
- создание и ведение единого банка данных по вопросам, касающимся оборота наркотиков, а также противодействия их незаконному обороту.