Карельская таможня является частью системы таможенных органов Российской Федерации и расположена в зоне деятельности Северо-Западного таможенного управления. Она была образована 1 июля 2008 года путем реорганизации в форме слияния Костомукшской, Петрозаводской и Сортавальской таможен согласно приказу ФТС России от 29 апреля 2008 года №515. Код Карельской таможни – 10227000.
В зону деятельности Карельской таможни входит территория Республики Карелия. Организационная структура таможни включает службы, отделы, отделения и 16 таможенных постов.
