В 2012 году с привлечением средств республиканского бюджета Республики Марий Эл реализовывалась 71 республиканская целевая программа Республики Марий Эл, общая сумма выделенных республиканских бюджетных средств составила 3,7 млрд. рублей (что на 38 % превышает уровень 2011 года)
Реализация республиканских целевых программ в приоритетных отраслях экономики Республики Марий Эл позволила достичь значимых результатов, повысить качество и уровень жизни населения республики, способствовала экономическому развитию, формированию современной инфраструктуры и охране окружающей среды.
Наибольшая сумма средств - 2,4 млрд. рублей, или 65% от общего объема средств республиканского бюджета Республики Марий Эл на все программы, - направлена на реализацию следующих республиканских целевых программ: «Модернизация и развитие сети автомобильных дорог общего пользования в Республике Марий Эл на 2011-2015 годы», «Развитие и укрепление материально-технической базы образовательных учреждений Республики Марий Эл на 2009-2015 годы», «Развитие физической культуры и спорта в Республике Марий Эл на 2011-2018 годы», «Благоустройство набережной р. Малая Кокшага в г. Йошкар-Оле», «Развитие сельского хозяйства и регулирование рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия в Республике Марий Эл на 2009-2012 годы», «Культура Марий Эл на 2009-2013 годы».
В целях дальнейшего расширения сферы применения программно-целевых методов бюджетного планирования в течение 2012 года постановлениями Правительства Республики Марий Эл утверждены 18 республиканских целевых программ, в том числе 10 программ с началом срока реализации в 2013 году.
В республиканском бюджете Республики Марий Эл на 2013 год предусмотрена реализация 69 приоритетных республиканских целевых программ с общим объемом финансирования 3 млрд. рублей.